De eerste vermelding van Marken stamt uit de 13e eeuw en lag in het oostelijke deel van Waterland, een groot veengebied. Marken heette toen nog Markaland, Markerhoofd of Merkenhovede. Dit veengebied bestond al voor 13e eeuw. Door afgraving en overstromingen ontstond op den duur de Zuiderzee. Rond de 11e eeuw begon men met het ontginnen van het gebied rondom Waterland. Langs veenstroompjes en op de hoogste veenbulten, begon men dorpen te stichten, waarbij het water meestal werd uitgediept. Het veengebied strekte zich aan de oostkant uit tot ver in het huidige IJsselmeer. Met de gewonnen grond werden dan de oevers opgehoogd en werden huizen gebouwd. Door de stijging van de zeespiegel en stormen werden stukken land weggeslagen. Op sommige plekken kwam daardoor klei op veen. Bij latere overstromingen, werden de stukken land met alleen veen weer weggeslagen. Daar waar klei lag, bleef het land. Op die manier ontstonden er eilanden. 

Niet alleen stormen zorgden voor landverlies, ook het afsteken van veen droeg daaraan bij. 

Tijdens de Sint-Julianavloed (ook Jurriaansvloed genoemd)  in 1164 werd Markaland/Markerhoofd/Merkenhovede werd toen van het vaste land gescheiden en was Marken een eiland geworden. Zes jaar, tijdens de Allerheiligenvloed in 1170 werden er nog meer stukken land weggeslagen. Door deze overstroming werd het land tussen de Kop van Noord-Holland en Texel weggeslagen, waardoor de Waddenzee ontstond en Wieringen en Texel een eiland werden. 

In de 14e eeuw waren er op regelmatige basis dijkdoorbraken. Om zich hier beter tegen te beschermen, wierpen de bewoners van Marken terpen op, die 'werven' genoemd worden. In totaal zijn er 27 terpen geweest. Van deze zijn er 12 overspoeld door de zee. 

Het eiland bestond uit verschillende buurtschappen die tegenwoordig aan elkaar liggen. Het betreft de buurtschappen:

• Kerkbuurt
• Havenbuurt
• De Kets 
• Grotewerf
• Moeniswerf
• Rozewerf
• Wittewerf

De laatste twee werven verwijzen mogelijk naar de familie die daar gewoond heeft. Er zijn ook nog een Kloosterwerf en Monnikenwerf geweest. De eerste is verzwolgen door de Zuiderzee. De monnikenwerf is nu een onderdeel van de Kerkbuurt.

Kerkbuurt, Havenbuurt en de Kets vormen tezamen het centrum van Marken.

In 1620 woonden er meer mensen op Marken dan de terpen konden herbergen. Daardoor werden er huizen op palen gebouwd. Na de aanleg van de Afsluitdijk werden de onderkanten van deze huizen dichtgetimmerd, waardoor er nieuwe woonruimtes ontstonden.

Hoewel visserij de belangrijkste bron van inkomsten was, duurde het tot de 19e eeuw dat er een grote haven aangelegd werd. 

In 1916 werd Marken getroffen door de Zuiderzeevloed van 1916 of Januari-vloed. Hierbij kwamen 16 mensen om het leven op het eiland. Als gevolg hiervan werden de Zuiderzeewerken ingesteld. Eén van die onderdelen was de Markerwaard. Het gebied rondom Marken tussen Hoorn, Enkhuizen, Lelystand en Almere zou drooggelegd worden. 

Marken werd in 1957 verbonden met een dijk met het vaste land als onderdeel van de Markerwaard. Sindsdien is het een schiereiland. De Markerwaard zelf is nooit aangelegd. Wel kun je vanaf Marken over de Bukdijk naar het noorden lopen.